Представления об экологическом благополучии/неблагополучии объектов окружающей среды появились еще в СССР и были закреплены Законом об охране окружающей природной среды в 1991 г. Выявление экологического неблагополучия водных объектов актуально и в настоящее время из-за неудовлетворительного состояние ряда водоемов России и негативных тенденций, охватывающих различные стороны формирования качества воды и внутриводоемных процессов. Экологическое благополучие водной экосистемы является состоянием, которое характеризуется ее нормальным функционированием, воспроизведением основных звеньев, а также качеством воды и водных ресурсов, удовлетворяющим требованиям водопользователей. Применение комплекса химико-биологических показателей, рекомендуемых документом Росгидромета для оценки состояния пресноводных экосистем, позволило отнести часть характеристик Цимлянского, Пролетарского и Веселовского водохранилищ к проявлениям экологического неблагополучия. Очевидно, негативные изменения других водохранилищ также могут служить признаками последнего, однако методика оценки, учитывающая особенности состояния водных экосистем и внутриводоемных процессов, пока не разработана, что и определило цель настоящего исследования.