На основании использования метагеномного подхода в диагностике смешанных инфекций, проведено исследование по определению основных типов ассоциаций патогенов, выявляемых в лесных питомниках. Установлено, что формирование комплексов фитопатогенных грибов напрямую связано с экологическими свойствами видов, их представленностью в изучаемых объектах и не зависит от уровня таксономического родства микромицетов.